デスノートを拾った主人公が、Lの捜査をかわしつつ、裁きを行い、理想の新世界を作っていく、というストーリー。
　「キラ支持率」「犯罪発生率」などの数値があり、それが一定期間、一定値以上を越えればクリア。正体がばれる、もしくはデスノートの所有権を失うとゲームオーバー。
　また、殺した人数が一定値を越えるごとに、「デスノートルール」を手に入れることができ、より複雑な使い方ができるようになる。ただし、ゲームクリア時に殺した人数に応じて称号がもらえ、殺した人数が少ないほど優れた支配者としての称号を得られるため、その兼ね合いはなかなか難しい。なお、「デスノートルール」は、リュークにリンゴを与えるなどの方法で得られるものもある。
　ゲームは、幾つかのステージに分かれている。

　Lからの宣戦布告があり、Lとの戦いに突入する。
　宣戦布告を無視してステージ３に移行することも可能だが、Lを放置しておくと、常に危険がつきまとい、余計なトラブルが発生したり、追跡をかわすために色々と面倒な手続きを踏まなければならなかったりするので、なるべく機を見て早々に葬り去った方がよい。
　Lを倒すと、ゲームオーバーになる危険性はぐっと低くなり、また、「Lシステム（Lの声とどこにでも自由にアクセスできるコンピュータ）」が手に入るため、情報収集が格段にはかどるようになる。実のところ、この「Lシステム」なしにこのゲームをクリアすることはかなり難しい。
　ただ、「Lシステム」を使わなくとも、ハッキングのスキルを上げれば、非公開の犯罪者やキラ捜査に関する情報を得たり、大統領など国の要人と直接コンタクトをとれるようになる。スキルは、問題集を解くことで上げることができる。
　問題集は、ランクごとに何冊かあり、一番低いランクのものは、最初から自室に置いてある。他は、本屋で買ったり、地面に埋められているのを探したり、FBIのPCに侵入したりすることで手に入る。ちなみに、最高ランクのものは、Lが所持している。

　「Lシステム」を使用せず、Lを無視したままゲームクリアすると、珍しい称号が手に入る。

　なお、もしステージ１で足のつきやすい行動をとっていた場合は、Lの宣戦布告はなく、ある日いきなり尾行がつくことになるので注意。この場合、Lとの戦いを避ける事は非常に難しくなる｡

　こうして、平和な新世界を築き上げることに成功すれば、ゲームクリア。死神の目の取引を自分が行ったかどうかで、EDが異なる。

　また、Lを見つけて協力関係を結べば、捜査は格段にやりやすくなる。しかし、あまりLに頼りすぎると、捜査本部における立場が弱まり、見つけたノートを横取りされてしまうので注意。
　Lなしでクリアすることも可能だが、難易度はかなり高い。しかし、成し遂げれば、特典映像を見ることができる。

　　　　　　　　　　　　通常→Lの後を継ぐ

　　　Lからの評価が一定以下→元の生活に戻る

　キラバージョンとLバージョンは同時発売。
　特典として、キラバージョンにはデスノートが、Lバージョンには、作中Lの食べていたお菓子のストラップがついてくる…とか。

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